Torna ai risultati della ricercaBando per assegno di ricerca
| Titolo del progetto di ricerca in italiano | Analisi dei meccanismi di amplificazione genica nel cancro attraverso l'integrazione di approcci NGS-based sul genoma e trascrittoma |
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| Titolo del progetto di ricerca in inglese | Unraveling the mechanisms of gene amplification in cancer by integrating genome and transcriptome NGS-based approaches |
| Area CUN | 05 - Scienze biologiche |
| S.S.D | - |
| Descrizione sintetica in italiano | Dal momento che abbiamo identificato eterogeneità in sette linee tumorali con amplificazioni di MYC, escluso il modello della cromotripsi nella loro genesi, riteniamo che meccanismi alternativi, come il modello dell’episoma, dovrebbero essere riesaminati per spiegare la genesi degli ampliconi. Inoltre, la mappatura fine di variazioni strutturali (SV) e di mutazioni puntiformi presenti all’interno degli ampliconi di MYC chiarirebbe se uno qualsiasi di queste aberrazioni criptiche potrebbe determinare una firma genica comune alla base del potenziale leucemogenico di queste amplificazioni. Linee cellulari tumorali con amplificazioni di MYCN/MYCL1, insieme a pazienti leucemici e MYC-dmin/hsr, saranno indagati attraverso un approccio integrato che combina NGS, SNP array e FISH. I risultati saranno utilizzati per l'assemblaggio e la valutazione di cromotripsi. |
| Descrizione sintetica in inglese | Since we preliminarily identified MYC-dmin/hsr amplicon heterogeneity in seven tumor cell lines, excluding the single-step chromothripsis in their genesis, we believe that alternative mechanisms, such the episome model, should be reconsidered as still valid to describe amplicon emergence. Moreover, the fine mapping of structural variations (SVs) and point mutations harbored by MYC-amplicons would clarify if any of these cryptic aberrations could determine a common gene expression signature underlying the leukemogenic potential of these amplifications. Tumor cell lines with MYCN/MYCL1 amplifications, as well as leukemia samples with MYC-dmin/hsr, will be investigated through an integrated approach combining NGS, SNP array and FISH. The results will be used for amplicon sequence assembly and evaluation of chromothripsis. In addition, in leukemia cases, RNA-seq will be correlated with DNA-seq data for the identification of recurrent fusion transcripts and point mutations. |
| Data del bando | 12/04/2016 |
| Paesi in cui può essere condotta la ricerca |
Italy OTHER |
| Paesi di residenza dei candidati |
Italy OTHER |
| Nazionalità dei candidati |
Italy OTHER |
| Sito web del bando | http://www.apd.ict.uniba.it |
| Destinatari dell'assegno di ricerca (of target group) |
Experienced researcher or 4-10 yrs (Post-Doc) |
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| Nome dell'Ente finanziatore | AIRC |
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| Tipologia dell'Ente | Other |
| Paese dell'Ente | Italy |
| Città | Milano |
| Sito web | http://www.airc.it |
| cleliatiziana.storlazzi@uniba.it |
| L'assegno finanziato/cofinanziato attraverso un EU Research Framework Programme? | No |
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| Data di scadenza del bando | 13/05/2016 |
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| Come candidarsi | Other |