Descrizione posizione

Titolo del progetto di ricerca in italiano	In-silico investigation of protein-protein interactions
Titolo del progetto di ricerca in inglese	In-silico investigation of protein-protein interactions
Descrizione sintetica in italiano	In sintesi l'obiettivo principale di questo progetto sarà lo sviluppo di un metodo teorico-computazionale basato sul criterio di complementarità, considerando sia la forma che le proprietà energetiche delle due regioni superficiali in un modo combinato e compatto. In particolare, l'attività di ricerca del candidato sarà focalizzata sia sulle interazioni proteina-proteina che proteina-small molecole
Descrizione sintetica in inglese	the main principle of this project will be the development of a theoretical-computational method based on the complementarity criterion, considering both the shape and the energetic properties of the two surface regions in a combined and compact way. In particular, the research question of the candidate will be focused both on the interactions between protein-protein and molecule-small molecule
Descrizione del bando in italiano	Nonostante l'importanza del legame molecolare, i meccanismi che garantiscono il riconoscimento e il legame tra due molecole biologiche non sono ancora completamente compresi. Lo sviluppo di un metodo computazionale in grado di risolvere il problema dell'aggancio alle proteine ​​e alle proteine ​​è uno dei punti focali dell'attività nella biofisica computazionale e nella biologia strutturale. L'obiettivo principale di questo progetto sarà lo sviluppo di un metodo teorico e computazionale basato sul criterio di complementarità, considerando sia la forma che le proprietà energetiche delle due regioni di superficie in modo combinato e compatto. In particolare, l'attività di ricerca del candidato si concentrerà su interazioni sia proteina-proteina che proteina-ligando. Il candidato dovrà sviluppare un algoritmo in grado di esplorare lo spazio di patch sulle due superfici molecolari e valutare la forma e la complementarità elettrostatica, con l'ipotesi che con l'aumento della complementarietà stimata aumenterebbe la probabilità di interazione tra le due molecole.
Descrizione del bando in inglese	Despite the importance of molecular binding, the mechanisms that guarantee the recognition and binding between two biological molecules are not yet fully understood. The development of computational method able to solve the protein-protein docking problem is one of the focal points of activity in computational biophysics and structural biology. The main objective of this project will be to develop a theoretical and computational method based on the complementarity criterion, considering both shape and energy properties of the two surface regions in a combined and compact manner. In particular, the candidate’s research activity will be focused on both protein-protein and protein-small ligand interactions. The candidate will be required to develop an algorithm able to explore the patch space on the two molecular surfaces and evaluate the shape and electrostatics complementarity, under the hypothesis that with the increase of the estimated complementarity the probability of interaction between the two molecules would increase.
Numero posti	1
Campo principale della ricerca	Physics
Sottocampo della ricerca	Other
Settore Concorsuale	02/D1 - FISICA APPLICATA, DIDATTICA E STORIA DELLA FISICA
S.S.D	FIS/07 - FISICA APPLICATA (A BENI CULTURALI, AMBIENTALI, BIOLOGIA E MEDICINA)
Destinatari del bando (of target group)	Early stage researcher or 0-4 yrs (Post graduate)
Data del bando	19/12/2019

 

FP7 / PEOPLE / Marie Curie Actions

Research Framework Programme / Marie Curie Actions	No

 

Dettagli dell'impiego

Tipo di contratto	Temporary
Tempo	Full-time
Ore settimanali	36
Organizzazione/Ente	Sapienza Università
Paese (dove si svolgerà l'attività)	ITALY
Città	Roma

 

Contatto presso l'Organizzazione/Ente

Organizzazione/Ente	Sapienza Università Roma
Tipo	Academic
Facoltà/Dipartimento/Laboratorio di ricerca	Dipartimento di Fisica
Paese	ITALY
Stato/Provincia	Roma
Città	Roma
Codice postale	00185
Indirizzo	Piazzale Aldo Moro, 5
E-mail	daria.varone@uniroma1.it
Sito web	https://web.uniroma1.it/trasparenza/bando-248/19-silico-investigation-protein-protein-interactions
Telefono	06 49914379

 

Dettagli per la candidatura

Data prevedibile per l'assunzione	01/10/2020
Data di scadenza del bando	18/01/2020
Come candidarsi	procedure.fisica@cert.uniroma1.it

 

Titoli di studio richiesti

Laurea	PhD or equivalent
Ambito della laurea	Physics

 

Esperienze di ricerca richieste

Campo principale della ricerca	Physics
Sottocampo della ricerca	Other
Anni di esperienza richiesti	4

 

Lingue richieste

Lingua	ENGLISH
Livello di conoscenza della lingua	Good